Si bien la implementación de la SUBE Digital marca un gran avance en la digitalización del transporte, existen algunas limitaciones a tener en cuenta. En primer lugar, el sistema actualmente solo se puede utilizar en colectivos. Los molinetes de los subtes y trenes del Área Metropolitana de Buenos Aires (AMBA) aún no tienen integrada la tecnología NFC, por lo que no es posible usar la app para estos medios de transporte. Según informaron desde Nación Servicios, ya se está trabajando para incluir esta funcionalidad en una segunda etapa.
Además, por el momento, la SUBE Digital solo está disponible para dispositivos Android con tecnología NFC, y se espera que en futuras actualizaciones el sistema se pueda adaptar a celulares Apple, siempre y cuando la compañía estadounidense permita el uso de NFC para terceros.
Otra limitación es el saldo negativo. A diferencia de la tarjeta física, donde los usuarios podían viajar con saldo negativo hasta llegar a un punto de recarga, la SUBE Digital exige tener saldo positivo para realizar cualquier pago. Por ejemplo, si el boleto cuesta $371 y el usuario tiene $100 en su tarjeta digital, la cuenta quedará en $-271, y no podrá utilizarse nuevamente hasta que se cargue saldo.